Euphemia Dorer wurde am 7. Oktober 1667 in der Stadt Baden im Aargau in der Schweiz geboren. Ihre Mutter Euphemia, sowie ihr Vater Kaspar entstammten sehr wohlhabenden und einflussreichen Familien. Zudem arbeitete der Vater als Chirurg, ein damals wie heute vermutlich hoch angesehener Beruf. Jedoch wohl nicht wie die meisten seiner damaligen Kollegen als Wundarzt, sondern als Therapeut, der sich die Thermalquellen der Kurstadt Baden für seine Behandlungen zu nutzen machte.
Sowohl Euphemia als auch ihren acht Geschwister konnten die Eltern eine damals sehr teure und nicht unbedingt übliche Schulbildung ermöglichen, was Einflüsse auf ihren gesamten späteren Werdegang hatte. Wahrscheinlich besuchte sie als Tochter „aus besserem Hause“ die Primärschule der Franziskanerinnen oder sie erhielt mit ihren Geschwistern Privatunterricht. Nach der Grundschule wechselte Euphemia auf das Mädchenpensionat der Ursulinen in Luzern. Diese “Eliteschulen“ genossen zur damaligen Zeit unter der reichen und adeligen Gesellschaft einen sehr guten Ruf, kosteten dementsprechend aber auch sehr viel Geld. Trotz des frühen Todes des alleinverdienenden Vater 1671 hatte die Familie Dorer ihren Wohlstand nicht verloren und konnte damit allen Kindern (auch den Mädchen!) eine derartige Schulbildung ermöglichen.
Im Jahr 1685 hatte die achtzehnjährige Euphemia ihre Ausbildung an der Luzerner Ursulinenschule abgeschlossen und entschied sich, dem Orden als Novizin beizutreten. Bei dieser Entscheidung wurde die hochsensible Euphemia wahrscheinlich stark von ihrem jesuitischen Beichtvater beeinflusst. Dieser hörte die Sorgen und Nöte des jungen Mädchens und deutete ihre Träume. Dabei interpretierte er einen Traum Euphemias als Erscheinung des hl. Ignatius von Loyola, womit er sie von ihrer göttlichen Berufung überzeugte.
Auch als Novizin soll Euphemia bildhafte Visionen gehabt haben, in denen sie mit Jesus im Zwiegespräch stand und sich tranceartig in Bibelszenen wiedergefunden hatte. Dadurch beeindruckt, riet ihr ihre Novizenmeisterin, ihre Visionen aufzuschreiben und schon bald war sie für ihre mystische Glaubensauslegung bekannt und sogar verehrt. . Dazu muss man wissen, dass die Menschen im Barock extrem gläubig waren. Sie deuteten für sie nicht erklärbare Geschehnisse oft als Zeichen und Weisung Gottes und bewunderten Euphemia für ihre außergewöhnliche Bindung zu Gott. Ihren Höhepunkt hatte Euphemias mystischer Ruf, als sie an Fronleichnam 1697 - mit knapp 30 Jahren - eine Stigmatisation erfuhr, das heißt, die Wundmale Christi sollen auf ihrem Körper erschienen sein. Jedoch stellt sich auch dabei die Frage, inwiefern diese Erfahrung real war, denn zur damaligen Zeit galten auch „innere Stigmatisationen“ als echt und erfuhren einen richtigen Trend. Geprägt durch ihre göttlichen Visionen verehrte sie das Symbol des Herzes Jesu, angelehnt an eine Praktik der Jesuiten, und verbreitete die Herz-Jesu-Verehrung unter ihren Luzerner Mitschwestern.
Im Jahr 1699 verringerten sich Euphemias geistliche Freiheiten schlagartig, als sie ausgewählt wurde mit der neuen Oberin der Freiburger Ursulinen den Konvent zu wechseln. In der französisch besetzten Stadt Freiburg im Breisgau arbeitete sie als Lehrschwester und unterrichtete die Töchter der wohlhabenden Familien, damit diese zu guten zukünftigen Ehefrauen wurden. Sonntags unterrichtete sie auch Frauen aus ärmeren Schichten, wie z.B. Mägde, die so von ihr begeistert waren, dass bald auch Bürgerinnen diese Stunden besuchten.
Auf Euphemias Initiative hin gründeten die Freiburger Ursulinen die Herz-Jesu-Bruderschaft, eine spirituelle Vereinigung, die eng mit dem Konvent verbunden war und später auch als eine Art Förderverein diente.
Anfang 1706 wurde Euphemia Dorer zur Oberin der Freiburger Ursulinen. Im neuen Amt angekommen, nahm sie sich auch schon dem Großprojekt ihres Lebens an. Sie baute dem Ursulinenorden in Freiburg ein eigenes Kloster. Als sich ihr die Gelegenheit bot, ein günstiges Grundstück nahe der Stadtmauer zu kaufen, überlegte sie nicht lange. Diese nicht vom Mutterkloster autorisierte Maßnahme führte schließlich mit zur Trennung und Unabhängigkeit des Freiburger Konvents. Dadurch stand das Kloster nun jedoch auch finanziell auf eigenen Beinen und musste Kredite aufnehmen. Glücklicherweise konnten größere Teile der Kosten durch Spenden der Herz-Jesu-Gemeinschaft gedeckt werden.
Ein Jahr später war dann auch das dringend für das klösterliche Schulwesen benötigte Gebäude mitsamt integrierter Kirche größtenteils fertiggestellt und bot den Ordensschwestern ganz neue Möglichkeiten. Die spätbarocke Kirche wurde auf Euphemias Verdienste hin 1716 dem heiligsten Herzen Jesu und der heiligen Maria vom Schnee geweiht, welche sich symbolisch auch im Altar wiederfinden.
Nach drei recht friedlichen Jahren wollte Euphemia 1712 nach den üblichen sechs Jahren als Oberin zurücktreten. Jedoch wurde keine geeignete Nachfolgerin gefunden. Die Schwestern wählten nur zwei Nonnen aus anderen Konventen zur Superiorin, wovon eine jedoch keine bischöfliche Zustimmung bekam und die andere den Posten ablehnte. So musste „Mutter Euphemia“, wie sie seit einiger Zeit genannt wurde, ihren Posten behalten.
Die friedliche Zeit wurde jedoch schon bald von den Auswirkungen des Spanischen Erbfolgekriegs (1701 – 1714) in Freiburg unterbrochen. Bei der Belagerung der Stadt durch französische Truppen zeigten sich die Nachteile der Nähe zur Stadtmauer. Das neue Kloster wurde von 80 Kanonenkugeln getroffen und vor allem an Dach und Wänden stark beschädigt.
Nach dem Krieg wurde Euphemia Dorer als Oberin abgelöst und ging wieder zurück nach Luzern. Nach neun Jahren ließen sie ihre Mitschwestern aus Freiburg dort wieder abholen, da sie sie erneut zu Oberin gewählt hatten. Trotz Gegenwehr der Luzerner, die sie offensichtlich sehr schätzten, ging Euphemia 1725 mit 58 Jahren zurück nach Freiburg. Dort wurde sie wieder zur Oberin und widmete sich den Aufbauarbeiten des immer noch beschädigten Klosters. Offensichtlich zeigte sie dabei ein hervorragendes Talent, Personen zum Spenden zu animieren und bekam vieles von dem was sie benötigte geschenkt. Auch bei den Adeligen war sie sehr beliebt. Dies zeigte sich einerseits in Spenden, andererseits aber auch in dem Wunsch adeliger Damen, ein paar Tage, wahrscheinlich gegen eine Spende, im Kloster bleiben zu können.
1734 wechselte sie nach neunjähriger Amtszeit als Superiorin zum Posten der Novizenmeisterin, woraufhin sie als Beraterin und Assistentin der neuen Oberin tätig war. Sie nahm immer mehr eine beratende Rolle für alle möglichen Leute ein und versuchte ihnen, trotz eines Schlaganfalls zu helfen.
77-jährig wurde Freiburg erneut vom Krieg heimgesucht. Der Österreichische Erbfolgekrieg (1740 – 1748) beschädigte das Kloster ein weiteres Mal, jedoch mit dem Unterschied, dass die Verantwortung für den Wiederaufbau nun nicht mehr auf den Schultern der recht betagten Euphemia lag. Allerdings ist zu vermuten, dass sie aufgrund ihrer vielen Erfahrungen und Kontakte der amtierenden Oberin tatkräftig, aber eher beratend, zur Seite stand.
Am 4. März 1752 starb Euphemia Dorer mit 84 Jahren in Freiburg.
Doch auch nach ihrem Tod war die Geschichte um Euphemia Dorer nicht zu Ende. 1901 wurde sie exhumiert und ihre Überreste in die Kapelle des Katholischen Instituts verlagert. Dabei stellte sich heraus, dass ihr Leichnam weitestgehend erhalten war. 1941 wurde der Leichnam, nach der Enteignung der Schule durch die Nationalsozialisten, in die Martinskirche überführt und wegen den Luftangriffen auf Freiburg 1944 im Kloster der Ursulinen in der Hildastraße aufbewahrt. Seit 1947 hat sie in der Nonnenkluft unter dem Schwarzen Kloster ihre letzte Ruhe gefunden.